Настанак манастира са црквом посвећеном Св. Aрхангелу Михаилу и Гаврилу, народно предање смешта у време владавине српских краљева Драгутина и Милутина. Међутим, савремена истраживања наводе на другачије закључке. Најстарији писани документ, у коме се помиње манастир Раковица, под именом Racauicense monasterium, налазимо у путопису Феликса Петанчића из 1502. године, а који је штампан у Бечу 1522. године. И турски извори га помињу у попису из 1560. године међу осталим црквама и манастирима у околини Београда. У многоме помаже решавању питања настанка манастира повеља влашког војводе Константина Бранковеана – Бесарабе издата манастиру Раковицa, за који каже да је „сазидан и из темеља подигнут од стране доброг хришћанина, почившег Радула војводе, који је протеклих година био господар ове земље (влашке)“. Током историје, постојало je више влашких војвода са овим именом, тако да је дискутабилно ко је ктитор. Узевши у обзир историјске прилике и односе између Срба и Румуна, вероватно да је у питању био влашки војвода Радул I Црни (око 1377-1385), зет кнеза Лазара. Дакле, на основу овог податка можемо да изведемо закључак да је манастир настао током Лазареве владавине.

Манастир је крајем XVI века премештен на садашње место са првобитне локације изнад села Раковице. Неповољан положај манастира (поред насеља, у близини важне саобраћајнице) учинио га је лаком метом за турска пљачкања. Tако је манастир пресељен на скровитије место, дубље у шуму. Манастир се не помиње у црквеним изворима све до краја XVI века, када се јавља као активни учесник црквено-историјских дешавања. Ратне страхоте које су задесиле земљу уз сеобу Срба нису заобишле ни овај манастир. Монаштво га је напустило крећући се ка северу и носећи са собом црквене драгоцености и богослужбене књиге. Њихово кретање можемо пратити на основу записа на појединим књигама.

Ангажовање раковичког калуђера Григорија, који се истакао као врсни дипломата у аустријско-турском рату, омогућило је манастиру повољнији положај у наредном периоду. Наиме, отац Григорије је посредовао при склапању Карловачког мира (1699), чињећи значајне услуге руској дипломатији. Руси су узвратили дарујући Григорију лично, али и манастиру новац, богослужбене књиге, одејања, сасуде и четири иконе које су биле намењене манастиру Ватопед. Захваљујући томе, манастир се економски опоравио до те мере да је финансирао обнову манастира Тресије (испод Космаја), који је у то време имао заједничку управу са Раковицом.

Нова страдања манастир је претрпео избијањем Аустријско-турског рата (1737-1739). Монаштво је са турским надирањем страховало од одмазде, јер је помагало Аустријанце, тако да су спашавајући животе, побегли заједно са многобројним српским живљем и аустријском војском. Уточиште су нашли у Срему, у манастиру Велика Ремета, поневши са собом највредније црквене ствари. Упркос томе, манастир Раковица није дуго остао пуст, јер су Турци дозволили једној мањој групи калуђера да се врати у свој манастир. Са падом Београда у турске руке (6. августа 1730) и губитком наде за скори повратак, сачињен је 14. септембра 1739. године уговор о спајњу ова два манастира под једну управу. Тешко одржавање везе са Реметом, која се налазила у другој држави, неминовно је условило осамостаљивање Раковице.

По завршетку рата и потписивању Свиштовског мира (1791), приступило се обнови Раковице уз велику подршку кнеза Милоша Обреновића, који је посебно ценио улогу манастира у народном животу. Његово нарочито старање о овој светињи је било подстакнуто и тиме што је његов син Тодор био сахрањен овде. Током 1822. године финансирао је изградњу троспратних манастирских келија са великом трпезаријом и кнежевим конаком.

За положај манастира је било од изузетне важности везивање и осталих чланова породице Обреновић за њега. Осим Милоша и кнегиње Љубице (по којој се један манастирски део зове „Љубичин конак“), о манастиру су се касније усрдно старали кнез Михаило и Томанија Обреновић, супруга Јефрема Обреновића. Она је заједно са мужем и децом и сахрањена у припрати цркве, а насупрот њихове породичне гробнице почива Миливоје Блазнавац, муж Јефремове унуке Катарине. Осим чланова породице Обреновић, у манастиру је сахрањен и јунак Првог српског устанка Васа Чарапић. Црква је обновљена тек 1861-1862. године када је дозидана у горњем делу, изнад кордонског венца. Кровни покривач је замењен, постављањем плеха уместо црепа.

Црква је пројектована као једнобродна триконхална грађевина, са видљивим карактеристикама Моравске школе. Има два кубета. Спољне фасаде су покривене дебелим слојем малтера, тако да се не може судити о оригиналном изгледу фасада. Првобитан иконостас је био сачињен од зидне преграде са две престоне иконе Христа и Богородице, док су на осталим деловима биле обешене или причвршћене различите иконе рађене на дрвету или платну.

Нови дрвени иконостас мањих димензија постављен је 1862. године, а његову израду је финансирао кнез Михаило Обреновић. На њему уочавамо дуборезне украсне елементе који су рађени у духу барокног дубореза са елементима класицизма. Почетком XX века старе иконе су замењене новим, које је израдио Рафаило Момчиловић. До 1737. године, иконостас манастирске цркве красиле су четири иконе које је цар Петар Велики даровао Раковици 1701. године. Под најездом Турака, пренешене су у Велику Ремету, затим су их усташе током рата однеле у Загреб заједно са осталим српским драгоценостима, да би напослетку завршиле у Галерији Матице Српске.

Отварањем прве монашке школе у Србији при манастиру Раковица, почело је ново поглавље у животу манастира. Митрофана, новог старешине манастира, покренуто је издавање „Раковичког народног листића“ који је садржао популарне чланке намењене ширењу православне духовности. Школа је функционисала до 1932. године, када је премештена у Манастир Дечане. Просветитељска делатност манастира није прекинута ни у наредним годинама, јер је у периоду од 1949. до 1958. године у Раковици била смештена Београдска богословија. Манастир Раковица је одлуком Патријарха Германа 1959. године претворен у женски манастир. Преко улице и потока налази се извор – чесма Св. Петке.

Бивши српски патријарх Димитрије сахрањен је у овом манастиру 1930. године, а српски патријарх Павле сахранњен је у манастиру Раковица 19. новембра 2009. године по сопственој жељи, по чему је манастир посебно интересантан за вернике и посетиоце. Манастир Раковица 11 километара од центра Београда, налази се на кружном путу, који од зграде Општине Раковица води ка Авали.